История аэропорта началась 13 ноября 1954 г., когда Совет Министров СССР принял решение о строительстве второго московского аэропорта гражданского воздушного флота в районе селения Елгазино Подольского района Московской области. С таким предложением выступило Главное управление гражданского воздушного флота при Совете Министров СССР.
21 декабря 1955 г. Совет утвердил проектное задание. Через год одновременно с началом строительства вышел приказ № 9 начальника Главного управления ГВФ «О создании Дирекции строительства второго московского аэропорта и назначении директором т. Иванова И. П.». Первоначально проект именовался «Москва II» и был закреплён за Дирекцией как объект № 306.
Днём рождения аэропорта Домодедово считается 7 апреля 1962 г. В этот день вышел приказ начальника Главного управления гражданского воздушного флота № 200 «Об организации Московского аэропорта Домодедово», в тексте которого значилось: «Организовать в составе Московского управления транспортной авиации ГВФ аэропорт Домодедово и впредь именовать его московский аэропорт Домодедово».
После образования в 1963 г. линейно-эксплуатационных ремонтных мастерских и выхода соответствующих приказов, из аэропорта начали осуществляться грузовые и почтовые рейсы на самолётах Ту-104 и Ил-18.
25 марта 1964 г. из Домодедова вылетел первый пассажирский рейс самолётом Ту-104 по маршруту Москва — Свердловск. 20 мая 1964 г. состоялось открытие аэровокзального комплекса. Регулярные пассажирские рейсы начали выполняться в 1966 г.
Аэропорт, находящийся на юго-востоке Московской области, задумывался как узловой для дальнемагистральных полётов в Сибирь, на Дальний Восток и в Среднюю Азию, кроме того, аэропорт обслуживал среднемагистральные маршруты в Поволжье и на Урал. В Домодедове базировались самолёты семейств Ил и Ту.
С начала 1990-х годов аэропорт постепенно переходил под контроль туристической компании (впоследствии также авиакомпании) «Ист Лайн», созданной уральскими предпринимателями Антоном Баковым и Дмитрием Каменщиком. В 1992 г. их усилиями аэропорт получил статус международного. Баков вышел из бизнеса в 1994 году, Каменщик до сих пор возглавляет компанию.
В 1999 г. началась реконструкция аэровокзального комплекса. Она проходила в рамках Комплексной программы развития аэропорта до 2003 г., которая была утверждена Правительством Московской области и коллегией Федеральной авиационной службы РФ. В её рамках прошла практически полная реконструкция аэровокзального комплекса, который открылся в 2000 г. Деятельность аэропорта на время всего периода работ не прекращалась. В Этом же году и началось строительство отелей рядом с аэропортом Домодедово. С 2004 по 2008 г. проходило расширение пассажирских терминалов. До 2013 г. руководство московского аэропорта Домодедово планирует увеличить площадь аэровокзального комплекса практически до 500 тыс. м².